SMP Negeri 3 Kedungreja merupakan salah satu sekolah menengah pertama negeri yang berada di Desa Bojongsari, Kecamatan Kedungreja, Kabupaten Cilacap, Jawa Tengah, di Jalan Bendung Menganti. Sekolah ini memiliki NPSN 20331747. Berdasarkan data resmi Kemendikdasmen, SMP Negeri 3 Kedungreja didirikan berdasarkan SK Pendirian Nomor 421.3/378/30/Tahun 2003 tanggal 28 Agustus 2003.
Menurut sumber sejarah yang ditemukan dalam publikasi akademik, pendirian SMP Negeri 3 Kedungreja dilatarbelakangi oleh kebutuhan masyarakat sekitar terhadap sekolah lanjutan tingkat pertama. Pada saat itu, lulusan SD di wilayah Kedungreja masih banyak yang harus melanjutkan pendidikan ke sekolah di wilayah Sidareja dan daerah sekitarnya. Pemerintah kemudian mendirikan sekolah baru untuk memperluas akses pendidikan bagi masyarakat Kedungreja. Pembangunan sekolah mulai dilakukan pada Juli 2003 dan sekolah kemudian diresmikan pada 31 Desember 2003.
Pada awal berdirinya, SMP Negeri 3 Kedungreja memiliki 284 siswa dan dipimpin oleh Sulasno, S.Ag., M.Pd. sebagai kepala sekolah pertama. Sumber tersebut juga mencatat bahwa lokasi sekolah sempat menjadi pembahasan karena terdapat usulan pembangunan di Desa Rejamulya, namun masyarakat menghendaki lokasi di Jalan Bendung Manganti, Desa Bojongsari, hingga akhirnya sekolah berdiri di lokasi tersebut.
Seiring perkembangannya, SMP Negeri 3 Kedungreja terus tumbuh menjadi salah satu lembaga pendidikan penting di Kecamatan Kedungreja. Data pendidikan pemerintah saat ini mencatat sekolah tersebut berstatus negeri, jenjang SMP, dan berada di bawah naungan pemerintah daerah.
